A estrutura educacional em Roraima iniciou-se na década de 1940 quando foi construída a Divisão de Educação do Território Federal do Rio Branco, em 1945, no governo do Capitão Ene Garcez dos Reis.
A partir de 1946 o pavilhão da frente do prédio, localizado na Praça do Centro Cívico abrigou a sede do Governo do Território, onde o Governador Ene Garcez realizava despachos e atendimentos à população. Na época, a única unidade escolar existente era o grupo Escolar Lobo D’Almada. O prédio recebeu a ilustre visita do Presidente Juscelino Kubitschek, quando candidato à presidência da República, em 1955.
Nos fundos do prédio, do lado direito da Divisão de Educação, funcionou a Escola Murilo Braga. Nos anexos do prédio, existiu a unidade do Banco de Roraima, onde era realizado o pagamento dos servidores da Educação. Após a extinção da Escola Murilo Braga, a edificação foi incorporada às unidades da Secretaria de Educação (do Território, e posteriormente do Estado).
Sede – Em novembro de 2011, a estrutura administrativa da então Secretaria de Educação, Cultura e Desporto – SECD passou a funcionar no prédio de um antigo hotel na Avenida Ene Garcez, bairro São Francisco. Em junho de 2014 novamente a estrutura administrativa, agora da Secretaria de Educação e Desporto – Seed, foi remanejada do hotel da Avenida Ene Garcez para o prédio onde funcionava o antigo CEIA (Centro Estadual de Informática Aplicada), localizado na Avenida Barão do Rio Branco, Centro, onde permaneceu por 10 anos.
Demolição do antigo prédio – No ano de 2020, o prédio da Secretaria de Educação, na Praça do Centro Cívico foi demolido no dia 22 de março em respeito à uma decisão da justiça, da 1ª Vara da Fazenda Pública. Na época, o prédio estava sendo ocupado por mais de 200 famílias de imigrantes venezuelanos e o local que também passou por um incêndio, não possuía condições hidrossanitárias, não tinha água, energia, cobertura, e apresentava risco iminente de desabamento, conforme apontado em laudos técnicos.
Construção da nova sede – De 2020 até o presente momento, foi uma grande caminhada, e na gestão do Governador Antonio Denarium, o novo prédio da Secretaria da Educação e Desporto finalmente foi finalmente construído. O espaço conta com uma estrutura moderna, ampla, segura e digna para atender os servidores administrativos bem como a categoria dos trabalhadores da Educação do Estado e a população em geral.
O novo prédio, possui área total construída de 2.557,12m² com quatro pavimentos, com auditório com capacidade para 200 pessoas, salas administrativas, protocolos, área especial para eventos e fachada em pelo de vidro.
Segundo o Censo Escolar, atualmente a Secretaria de Educação e Desporto atende 70.189 estudantes em 370 escolas localizadas na capital, interior e em comunidades indígenas e conta com 8.506 servidores entre técnicos administrativos e professores.